結論・N-BOXにスペアタイヤはありません
N-WGNもN-ONEも同様です。
さらに、スペアタイヤが標準装着されていないのは、ホンダの車種だけではなく、他の国産メーカーでも数多く見受けられます。特にここ10年くらいに出た乗用車の多くにおいてスペアタイヤが装備されていません。逆に貨物車やSUV車には、いまだ搭載されているようです。
ホンダ公式webサイト
>>>スペアタイヤはありますか?

スペアタイヤを標準装備していない理由
理由はこのあたりと思われます
- 居住性を高める為(車内スペースを広くする)
- 車両の軽量化の為(低燃費)
- コストダウン
パンクしたらどうする

スペアタイヤが装備されていない車には、代わりに、「パンク修理キット」が装備されていますので、それを使用してタイヤを修復します。
しかし、釘が刺さった等の警備なパンクなら修理可能ですが、バースト等のタイヤのダメージが激しい場合は、パンク修理キットでは対応できません。
また、タイヤ修理キットは、使い方が多少難解であることや、使用後にタイヤは使用できなくなるなどの理由から、一般的にあまり使用されていないのが現状で、使用を嫌がる整備士や使用したことがない整備士も数多く存在します。
スペアタイヤのない車で、パンクしてしまった場合は、保険会社や最寄りの整備工場に連絡することをおすすめします。
オプション(有料)で装備できるか
「やっぱりスペアタイヤが欲しい」という人のために、スペアタイヤをオプション販売しているメーカーが多いです。例えば、レンタカー会社のレンタカーなどは、必ず別途オプションで購入して装着しています。
しかしホンダの場合、オプション販売もないので、欲しくても買うことができません。
「どうしても」という方は、自分でタイヤを購入して積んでおくしかないのですが、搭載するスペースも用意されていないので、自分なりに工夫して積むしかありません。
以上、”N-BOXのスペアタイヤはどこにあるか”でした。